Als waschechter Frankfurter wuchs der Cheftrainer, der eigentlich Nikolaos heißt, in Hattersheim auf, heute lebt er in Bockenheim, hat aber auch zu seiner Heimat Griechenland eine enge Verbindung. „Schuld“ an seiner Fußballbegeisterung war sein Vater, der es in Griechenland bis in die zweite Liga geschafft hatte. Auch Niko erhielt, als er 18 Jahre alt war, eine Anfrage des Zweitligisten Panserraikos Serres, spielte zu der Zeit aber bereits in der U19 von Rot-Weiß Frankfurt und entschied sich gegen dieses Angebot – und für den Schulabschluss in Deutschland.
Mit Rot-Weiß Frankfurt stieg Niko Arnautis, der zum Ausgleich Basketball und Tennis spielte, nicht nur drei Mal – bis in die damals viertklassige Oberliga – auf, am Brentanobad fand er auch seine sportliche Heimat. Nach Abstechern zum FSV Frankfurt und zum VfB Unterliederbach zog es ihn immer wieder zu den Rot-Weißen zurück, wo er seine aktive Karriere schließlich beendete.
Auch als Trainer half er zwei Mal bei Rot-Weiß Frankfurt aus, wobei er beim zweiten Mal über die Relegation den Aufstieg in Hessenliga schaffte. Dies alles erfolgte parallel zu seinem Engagement als Co-Trainer der U17-Junioren von Eintracht Frankfurt zwischen 2014 und 2016. In der Saison 2013/14 trainierte der A-Lizenzinhaber die U17 des 1. FFC Frankfurt, 2016 kehrte er zum FFC als Coach des Zweitligateams zurück. Als Lehrer-Trainer an der Carl-von-Weinberg-Schule, der Partnerschule von Eintracht Frankfurt, setzte er sich dafür ein, dass die Carl-von-Weinberg-Schule als „Eliteschule des Fußballs“ zertifiziert wurde – ein struktureller Meilenstein auch für die Nachwuchsarbeit bei Eintracht Frankfurt.
Seit September 2017 steht Arnautis nun an der Seitenlinie der Frankfurter Bundesliga-Frauen und ist damit der dienstälteste Trainer in der höchsten Spielklasse.